Peraturan ini bertujuan untuk meningkatkan pelayanan dan penyelenggaraan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di Politeknik Pertanian Negeri Kupang. Politani Kupang bertanggung jawab kepada Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi dan memiliki tugas menyelenggarakan pendidikan vokasi dan, jika memenuhi syarat, pendidikan profesi. Organisasi Politani Kupang terdiri dari Senat, Direktur, Satuan Pengawas Internal, dan Dewan Pertimbangan. Direktur bertanggung jawab atas kebijakan non-akademik dan pengelolaan, dibantu oleh Wakil Direktur yang mengurus bidang akademik, umum dan keuangan, serta kemahasiswaan. Bagian administrasi terdiri dari Bagian Akademik, Kemahasiswaan, dan Perencanaan serta Bagian Umum dan Keuangan. Jurusan bertanggung jawab atas pendidikan vokasi dan profesi, sementara Pusat dan UPT mendukung kegiatan akademik dan pengembangan.