Peraturan Menteri Agama Nomor 71 Tahun 2013 ini bertujuan untuk meningkatkan mutu penyelenggaraan dan pelayanan pendidikan tinggi di Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri Sentani. Peraturan ini menetapkan struktur organisasi dan tata kerja yang baru, termasuk pembagian tugas dan fungsi dari berbagai organ pengelola seperti Ketua, Wakil Ketua, Jurusan, Pascasarjana, dan Unit Pelaksana Teknis. Sekolah Tinggi ini bertanggung jawab kepada Menteri Agama dan dibina oleh Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen. Tugas utama Sekolah Tinggi adalah menyelenggarakan pendidikan tinggi dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Kristen, termasuk program akademik, vokasi, dan profesi, serta penelitian dan pengabdian kepada masyarakat.