Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-Undang ini bertujuan untuk menangguhkan pelaksanaan tugas dan fungsi Pengadilan Perikanan yang diatur dalam Pasal 71 ayat (5) Undang-Undang Nomor 31 Tahun 2004 tentang Perikanan. Penangguhan ini diperlukan karena adanya kebutuhan untuk mempersiapkan pemahaman kewenangan antar Pengadilan Negeri serta kesiapan sumber daya manusia, sarana, prasarana, dan perangkat penunjang lainnya. Pengadilan Perikanan yang pertama kali dibentuk di Pengadilan Negeri Jakarta Utara, Medan, Pontianak, Bitung, dan Tual, diharapkan dapat melaksanakan tugasnya paling lambat sampai dengan tanggal 6 Oktober 2007. Penangguhan ini juga mempertimbangkan koordinasi antar instansi dan harmonisasi peraturan perundang-undangan, terutama hukum acara Pengadilan Perikanan, untuk menjamin pencapaian tujuan penegakan hukum di bidang perikanan.