Instruksi Presiden Nomor 12 Tahun 1999 dikeluarkan untuk mempercepat pemulihan kehidupan masyarakat di Daerah Propinsi Timor Timur setelah berakhirnya keadaan darurat militer. Instruksi ini didasarkan pada persetujuan antara Republik Indonesia dan Republik Portugal serta Resolusi Dewan Keamanan PBB Nomor 1264 (1999). Instruksi ini mengatur koordinasi antar kementerian dan lembaga terkait untuk menangani ketertiban, keamanan, pelayanan pengungsi, pemulihan pemerintahan, dan penyediaan fasilitas transportasi. Menteri Koordinator Bidang Politik dan Keamanan bertanggung jawab atas koordinasi penanganan ketertiban dan keamanan, sementara Menteri Koordinator Bidang Kesejahteraan Rakyat mengkoordinasikan penanganan pengungsi. Menteri Dalam Negeri bertugas memulihkan jalannya pemerintahan, dan Menteri Pertahanan Keamanan/Panglima TNI mengatur penyerahan tanggung jawab keamanan kepada PBB. Selain itu, Menteri Pendayagunaan BUMN, Menteri Perhubungan, dan Menteri lainnya memberikan dukungan teknis operasional untuk pemulihan di Timor Timur.