Peraturan Daerah Kota Surabaya Nomor 14 Tahun 2016 mengatur tentang pembentukan dan susunan Perangkat Daerah Kota Surabaya. Latar belakang pembentukan peraturan ini adalah untuk melaksanakan ketentuan Pasal 3 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah. Tujuan dari peraturan ini adalah untuk mewujudkan organisasi Perangkat Daerah yang tepat fungsi dan tepat ukuran (rightsizing) berdasarkan beban kerja dan kondisi riil Daerah serta sesuai dengan prinsip penataan organisasi Perangkat Daerah yang rasional, proporsional, efektif dan efisien.
Perangkat Daerah di lingkungan Pemerintah Daerah terdiri dari Sekretariat Daerah (Tipe A), Sekretariat DPRD (Tipe A), Inspektorat Daerah (Tipe A), Dinas Daerah, Badan Daerah, dan Kecamatan. Dinas Daerah terdiri dari berbagai dinas dengan tipe A, yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di berbagai bidang seperti pendidikan, kesehatan, pekerjaan umum, perumahan rakyat, pemadam kebakaran, sosial, tenaga kerja, pengendalian penduduk, ketahanan pangan, lingkungan hidup, kependudukan, perhubungan, komunikasi dan informatika, koperasi, penanaman modal, kepemudaan dan olahraga, kebudayaan dan pariwisata, perpustakaan dan kearsipan, perdagangan, dan Satuan Polisi Pamong Praja. Badan Daerah terdiri dari Badan Perencanaan Pembangunan (Tipe A), Badan Pengelolaan Keuangan dan Pajak Daerah (Tipe A), Badan Kepegawaian dan Diklat (Tipe A), dan Badan Penanggulangan Bencana Dan Perlindungan Masyarakat (Tipe A). Kecamatan terdiri dari berbagai kecamatan dengan tipe A dan B.
Kepala Daerah dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh 3 (tiga) Staf Ahli.