Peraturan Menteri Keuangan Nomor 133/PMK.01/2010 ini dibentuk untuk mendukung efektivitas pelaksanaan tugas Komite Pengawas Perpajakan dengan membentuk Sekretariat Komite Pengawas Perpajakan. Sekretariat ini secara fungsional berada di bawah Ketua Komite Pengawas Perpajakan dan secara administratif di bawah Sekretaris Jenderal Kementerian Keuangan. Tugas utama Sekretariat adalah memberikan pelayanan teknis dan administratif untuk mendukung tugas Komite Pengawas Perpajakan. Fungsi-fungsi yang diemban meliputi koordinasi kebijakan teknis, penyusunan rencana kerja, pengelolaan sumber daya manusia, dan pengelolaan keuangan. Struktur organisasi Sekretariat terdiri dari beberapa bagian, termasuk Bagian Umum, Bagian Fasilitasi Analisa dan Konsultasi, Bagian Fasilitasi Pencegahan dan Monitoring, Bagian Fasilitasi Pengaduan dan Verifikasi, serta Kelompok Jabatan Fungsional.