Peraturan Presiden ini bertujuan untuk mewujudkan kawasan perbatasan negara yang berfungsi sebagai pusat pelayanan pintu gerbang dengan basis pertahanan dan keamanan negara yang kuat, serta pusat pelayanan perdagangan dan jasa lintas negara. RDTR KPN berfungsi sebagai alat operasionalisasi RTR KPN di Provinsi Papua dan sebagai alat koordinasi pelaksanaan dan pengendalian pemanfaatan ruang. WP Skouw ditetapkan sebagai kawasan perkotaan di Kota Jayapura dengan fungsi sebagai pusat pelayanan kepabeanan, imigrasi, karantina, keamanan, pendidikan, kesehatan, perdagangan, dan jasa lintas negara. Rencana struktur ruang meliputi pengembangan pusat pelayanan, jaringan transportasi, energi, telekomunikasi, air minum, pengelolaan air limbah, drainase, persampahan, jalur evakuasi bencana, dan pengelolaan batas negara. Rencana pola ruang terdiri atas zona lindung dan zona budi daya. Ketentuan pemanfaatan ruang mencakup pelaksanaan KKPR dan indikasi program pemanfaatan ruang prioritas.