Peraturan ini ditetapkan sebagai tindak lanjut atas perubahan nama dan bentuk badan hukum Perusahaan Daerah Jasa Transportasi Kota Bogor menjadi Perusahaan Umum Daerah (Perumda) Transportasi Pakuan Kota Bogor sebagaimana diatur dalam Peraturan Daerah Kota Bogor Nomor 3 Tahun 2022. Tujuan utamanya adalah menyesuaikan struktur kepengurusan dan tata kerja perusahaan agar selaras dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku bagi Badan Usaha Milik Daerah (BUMD). Secara substansial, peraturan ini menetapkan struktur organisasi Perumda Trans Pakuan yang terdiri dari KPM (Kepala Daerah yang Mewakili Pemerintah Daerah), Dewan Pengawas, Direktur, serta unit-unit manajerial yang meliputi Manajer Operasional, Manajer Umum, dan Satuan Pengawas Intern (SPI). Masing-masing organ memiliki tugas dan kewenangan yang spesifik, mulai dari fungsi pengawasan oleh Dewan Pengawas, fungsi eksekutif dan manajerial oleh Direktur, hingga fungsi operasional dan administratif oleh para manajer dan asisten manajer. Selain itu, peraturan ini mengatur mekanisme tata kerja yang menekankan pada prinsip koordinasi, integrasi, simplifikasi, dan sinkronisasi, serta menetapkan ketentuan mengenai kepegawaian dan mekanisme penunjukan pelaksana tugas atau pejabat sementara apabila terjadi kekosongan jabatan Direktur.