Keputusan Menteri ini ditetapkan sebagai tindak lanjut dari Pasal 41 ayat (2) huruf e Undang-Undang Nomor 31 Tahun 2004 tentang Perikanan, yang telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 45 Tahun 2009. Tujuannya adalah untuk menetapkan wilayah kerja dan wilayah pengoperasian Pelabuhan Perikanan Nusantara Tanjungpandan. Wilayah kerja terdiri dari wilayah daratan seluas 4,98 Ha dan wilayah perairan seluas 6,43 Ha. Sementara itu, wilayah pengoperasian terdiri dari wilayah daratan seluas 63,05 Ha, yang dibagi menjadi dua bagian, dan wilayah perairan seluas 103,55 Ha. Keputusan ini juga mencakup batas-batas geografis yang rinci dan peta yang terlampir sebagai bagian dari keputusan.