Instruksi Presiden Nomor 3 Tahun 2000 dikeluarkan untuk menanggulangi masalah pertambangan tanpa izin yang merugikan negara melalui kerusakan lingkungan, berkurangnya pendapatan negara, dan hilangnya kepercayaan investor. Instruksi ini bertujuan untuk mengkoordinasikan langkah-langkah strategis, terpadu, dan terkoordinasi dengan melibatkan berbagai sektor, lembaga swadaya masyarakat, dan masyarakat terkait. Instruksi ini mengarahkan berbagai menteri, jaksa agung, kepala kepolisian, gubernur, dan bupati/walikota untuk mengambil tindakan penertiban dan penghentian kegiatan pertambangan tanpa izin sesuai dengan tugas dan kewenangan masing-masing. Menteri Pertambangan dan Energi bertanggung jawab untuk melakukan koordinasi dan membentuk Tim Terpadu Pusat, sementara gubernur dan bupati/walikota membentuk Tim Terpadu Daerah. Kepala Kepolisian dan Jaksa Agung diinstruksikan untuk melakukan tindakan hukum tegas terhadap pelanggaran. Instruksi ini juga menekankan penghormatan terhadap hak ulayat, kesadaran hukum, kemitraan usaha, dan penegakan hukum.