Peraturan Daerah ini mengatur tentang Pajak Air Tanah di Kabupaten Pulau Morotai. Latar belakang pembentukan peraturan ini adalah untuk meningkatkan pelayanan di bidang pemerintahan, pembangunan, dan kemasyarakatan, serta memberikan kemampuan dalam pemanfaatan potensi daerah, termasuk air tanah, untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakat. Pajak Air Tanah dikenakan atas pengambilan dan/atau pemanfaatan air tanah, dengan pengecualian untuk keperluan dasar rumah tangga, pengairan pertanian, perikanan rakyat, peribadatan, penanggulangan kebakaran, penelitian yang tidak merusak lingkungan, dan pemanfaatan oleh Pemerintah atau Pemerintah Daerah yang bersifat nonkomersial. Subjek pajak adalah orang pribadi atau badan yang melakukan pengambilan dan/atau pemanfaatan air tanah. Dasar pengenaan pajak adalah Nilai Perolehan Air Tanah (NPT), yang dihitung dengan mempertimbangkan jenis sumber air, lokasi, tujuan pengambilan, volume, kualitas, dan tingkat kerusakan lingkungan. Tarif pajak ditetapkan sebesar 20%. Peraturan ini juga mengatur tata cara pemungutan, pembayaran, penagihan, keberatan, banding, pembetulan, pembatalan, pengembalian kelebihan pembayaran pajak, pembukuan, pemeriksaan, dan ketentuan khusus lainnya terkait Pajak Air Tanah.