Peraturan ini mencabut:
1. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 2 Tahun 2004 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Badan Kependudukan, Keluarga Berencana dan Catatan Sipil;
2. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 7 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Perindustrian, Perdagangan dan Koperasi;
3. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 8 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pengelolaan Pasar;
4. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 9 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pariwisata, Seni dan Budaya;
5. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 10 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi;
6. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 11 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Kesehatan;
7. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 12 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pendidikan;
8. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 13 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Kesejahteraan Sosial;
9. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 14 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Lingkungan Hidup;
10. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 15 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Permukiman dan Prasarana Wilayah;
11. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 16 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Perhubungan;
12. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 17 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Perizinan;
13. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 18 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Ketertiban;
14. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 22 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengelolaan Keuangan Daerah;
15. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 23 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengelolaan Barang Daerah;
16. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 26 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Kantor Pelayanan Pajak Daerah;
17. Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 27 Tahun 2005 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Kantor Pertanian dan Kehewanan;