Peraturan Daerah Kota Kupang Nomor 13 Tahun 2016 ini dibentuk untuk melaksanakan ketentuan Pasal 3 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah. Pembentukan perangkat daerah didasarkan pada prinsip tepat fungsi dan tepat ukuran (rightsizing) sesuai dengan kondisi nyata daerah, serta asas efisiensi, efektivitas, pembagian habis tugas, rentang kendali, tata kerja yang jelas, fleksibilitas, dan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah. Perangkat daerah terdiri dari Sekretariat Daerah (Tipe A), Sekretariat DPRD (Tipe B), Inspektorat Daerah (Tipe A), Dinas Daerah (berbagai tipe sesuai urusan pemerintahan), dan Badan Daerah (berbagai tipe sesuai fungsi penunjang). Kecamatan juga ditetapkan sebagai perangkat daerah. Peraturan ini mengatur pembentukan Unit Pelaksana Teknis (UPT) pada Dinas Daerah dan Badan Daerah Tipe A dan B, termasuk UPT di bidang pendidikan dan kesehatan. Walikota dibantu oleh 3 (tiga) staf ahli. Pejabat Aparatur Sipil Negara pada Perangkat Daerah diangkat dan diberhentikan oleh Walikota sesuai peraturan perundang-undangan.