Peraturan Daerah Kota Jayapura Nomor 3 Tahun 2006 tentang Pokok-Pokok Pengelolaan Keuangan Daerah menetapkan kerangka kerja pengelolaan keuangan daerah yang transparan dan bertanggung jawab. Tujuan utama dari peraturan ini adalah untuk menjamin kesinambungan akselerasi dan meningkatkan kualitas penyelenggaraan pemerintahan daerah serta menunjang pelaksanaan pembangunan di daerah.
Peraturan ini mengatur berbagai aspek pengelolaan keuangan daerah, termasuk asas umum pengelolaan keuangan daerah yang harus tertib, taat pada peraturan perundang-undangan, efisien, ekonomis, efektif, transparan, dan bertanggung jawab. Peraturan ini juga menetapkan pejabat-pejabat yang mengelola keuangan daerah, seperti Walikota sebagai pemegang kekuasaan pengelolaan keuangan daerah, Kepala Satuan Kerja Pengelola Keuangan Daerah (PPKD), dan Kepala SKPD selaku Pejabat Pengguna Anggaran dan/atau Barang Daerah.
Struktur APBD terdiri atas pendapatan daerah, belanja daerah, dan pembiayaan daerah. Pendapatan daerah mencakup Pendapatan Asli Daerah (PAD), dana perimbangan, dan lain-lain pendapatan daerah yang sah. Belanja daerah dipergunakan untuk pelaksanaan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah, baik urusan wajib maupun urusan pilihan. Pembiayaan daerah meliputi penerimaan pembiayaan dan pengeluaran pembiayaan.
Proses penyusunan APBD dimulai dengan penyusunan RKPD, KUA, PPAS, dan RKA-SKPD. APBD kemudian disusun dan ditetapkan melalui proses pembahasan dan persetujuan bersama antara Pemerintah Daerah dan DPRD. Pelaksanaan APBD meliputi penatausahaan keuangan daerah, pertanggungjawaban pelaksanaan APBD, pengendalian defisit dan penggunaan surplus APBD, serta pengelolaan kas umum daerah, piutang daerah, investasi daerah, barang milik daerah, dana cadangan, dan utang daerah.