Peraturan Menteri ini bertujuan untuk menjadi acuan bagi Pemerintah, Pemerintah Daerah, dan Pelaku Usaha dalam perizinan di Perairan Pesisir dan pulau-pulau kecil. Ketentuan substansial meliputi kewajiban Pelaku Usaha untuk memiliki Izin Lokasi Perairan dan Izin Pengelolaan Perairan sebelum melakukan pemanfaatan ruang dan sumber daya perairan. Izin Lokasi Perairan diberikan berdasarkan Rencana Zonasi yang meliputi Rencana Zonasi KSN, KSNT, wilayah pesisir, dan kawasan konservasi. Pemegang izin wajib memberikan akses kepada nelayan kecil dan menyampaikan laporan berkala. Izin Pengelolaan Perairan diperlukan untuk kegiatan seperti produksi garam, wisata bahari, dan pengangkatan BMKT, dan harus didasarkan pada Izin Lokasi Perairan yang telah ada.