Peraturan Menteri ini bertujuan untuk menetapkan tata cara rehabilitasi lingkungan budidaya perikanan yang mengalami pencemaran atau kerusakan. Rehabilitasi dilakukan untuk mengelola kesehatan ikan dan lingkungan, baik di dalam maupun di luar kawasan budidaya perikanan. Pelaksanaan rehabilitasi melibatkan Direktorat Jenderal, Dinas Provinsi, dan Dinas Kabupaten/Kota sesuai kewenangannya, serta dapat dilakukan oleh pihak lain dengan persetujuan. Proses rehabilitasi meliputi identifikasi penyebab pencemaran atau kerusakan, pemilihan metode rehabilitasi, dan pelaksanaan rehabilitasi. Metode rehabilitasi dapat dilakukan secara langsung atau tidak langsung, dengan memperhatikan lokasi, efektivitas, efisiensi, dan pembiayaan. Pelaksanaan rehabilitasi mencakup perbaikan cara budidaya dan pengelolaan lingkungan, serta memerlukan monitoring dan evaluasi untuk menilai keberhasilan dan dampaknya.