Peraturan Daerah ini membentuk Badan Penanggulangan Bencana Daerah (BPBD) Kabupaten Pati sebagai perangkat daerah yang bertanggung jawab kepada Bupati. BPBD Kabupaten memiliki tugas menetapkan pedoman penanggulangan bencana, standarisasi, peta rawan bencana, prosedur tetap penanganan bencana, pelaporan, pengendalian pengumpulan dan penyaluran uang dan barang, serta mempertanggungjawabkan penggunaan anggaran. Fungsi BPBD Kabupaten meliputi perumusan kebijakan penanggulangan bencana dan penanganan pengungsi, serta pengkoordinasian pelaksanaan kegiatan penanggulangan bencana secara terencana, terpadu, dan menyeluruh.
Organisasi BPBD Kabupaten terdiri atas Kepala Badan (ex-officio oleh Sekretaris Daerah), Unsur Pengarah Penanggulangan Bencana, dan Unsur Pelaksana Penanggulangan Bencana. Unsur Pengarah bertugas memberikan masukan dan saran kepada Kepala Badan. Unsur Pelaksana dipimpin oleh Kepala Pelaksana dan bertugas melaksanakan penanggulangan bencana secara terintegrasi meliputi prabencana, saat tanggap darurat, dan pascabencana. Unsur Pelaksana memiliki fungsi pengkoordinasian, pengkomandoan, dan pelaksanaan. Susunan organisasi Unsur Pelaksana meliputi Sekretariat, Bidang Pencegahan dan Kesiapsiagaan, Bidang Kedaruratan dan Logistik, Bidang Rehabilitasi dan Rekonstruksi, serta Kelompok Jabatan Fungsional.