Peraturan Menteri ini mengatur tentang organisasi dan tata kerja Universitas Cenderawasih (Uncen). Latar belakang peraturan ini adalah untuk meningkatkan kinerja Uncen dalam pelayanan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat, serta menindaklanjuti kebijakan penyederhanaan birokrasi. Tujuan dari penataan ini adalah untuk menyesuaikan organisasi dan tata kerja Uncen dengan perkembangan hukum dan kebutuhan organisasi.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup susunan organisasi Uncen yang terdiri dari Senat, pemimpin (Rektor), Satuan Pengawas Internal, dan Dewan Pertimbangan. Rektor dibantu oleh wakil rektor yang membidangi akademik, perencanaan, keuangan, umum, kemahasiswaan, alumni, kerja sama, hubungan masyarakat, dan sistem informasi. Unsur organisasi di bawah pemimpin meliputi pelaksana akademik (fakultas, Program Pascasarjana, lembaga penelitian dan pengabdian), pelaksana administrasi (biro), penjaminan mutu (lembaga penjaminan mutu), dan penunjang akademik (unit penunjang akademik seperti perpustakaan, teknologi informasi, pengelolaan budaya Papua, bahasa, pengembangan karier, dan bimbingan konseling).
Peraturan ini juga mengatur tugas dan fungsi dari masing-masing unsur organisasi tersebut, termasuk fakultas, jurusan, program studi, biro, lembaga, dan unit penunjang akademik. Setiap unsur memiliki tugas dan fungsi spesifik dalam penyelenggaraan pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, administrasi, dan penjaminan mutu.