Peraturan Menteri Agama ini mengatur tentang organisasi dan tata kerja Sekolah Tinggi Agama Katolik Negeri Pontianak (STAKat Negeri Pontianak). STAKat Negeri Pontianak adalah perguruan tinggi keagamaan yang diselenggarakan oleh Kementerian Agama dan dipimpin oleh seorang Ketua yang bertanggung jawab kepada Menteri Agama serta dibina secara fungsional oleh Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Katolik. Tugas STAKat Negeri Pontianak adalah menyelenggarakan pendidikan akademik dalam rumpun ilmu pengetahuan dan/atau teknologi tertentu, dengan fungsi perumusan visi misi, penyelenggaraan tridharma perguruan tinggi, pembinaan sivitas akademika, serta pelaksanaan administrasi, evaluasi, dan pelaporan.
Organisasi STAKat Negeri Pontianak terdiri dari organ pengelola, organ pertimbangan, dan organ pengawasan. Organ pengelola terdiri dari Ketua, Jurusan, Bagian Administrasi Umum, Akademik, dan Keuangan (AUAK), Pusat, dan Unit Pelaksana Teknis (UPT). Ketua dibantu oleh tiga Wakil Ketua. Jurusan dipimpin oleh Ketua Jurusan dan menyelenggarakan program studi. Bagian AUAK melaksanakan administrasi umum, keuangan, akademik, kemahasiswaan, dan kerja sama. Pusat terdiri dari Pusat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (P3M) dan Pusat Penjaminan Mutu (P2M). UPT terdiri dari Unit Perpustakaan, Unit Teknologi Informasi dan Pangkalan Data, dan Unit Pengembangan Bahasa.
Organ pertimbangan terdiri dari Senat dan Dewan Penyantun. Senat berfungsi menetapkan dan memberikan pertimbangan pelaksanaan kebijakan akademik. Dewan Penyantun memberikan saran dan pertimbangan di bidang nonakademik. Organ pengawasan adalah Satuan Pengawas Internal yang melaksanakan pengawasan nonakademik.
Kelompok jabatan fungsional terdiri dari Dosen, Peneliti, Pustakawan, Laboran, dan jabatan fungsional lainnya. Tata kerja STAKat Negeri Pontianak didasarkan pada prinsip koordinasi, integrasi, dan sinkronisasi. Ketua, Wakil Ketua, Ketua Jurusan, Kepala Bagian, dan Kepala Subbagian merupakan jabatan non-eselon.