Peraturan Daerah ini membentuk dan mengatur organisasi Inspektorat, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA), Lembaga Teknis Daerah, dan Satuan Polisi Pamong Praja di lingkungan Pemerintah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta.
- Inspektorat bertugas melakukan pengawasan terhadap pelaksanaan urusan pemerintahan di daerah Provinsi dan pembinaan atas penyelenggaraan Pemerintahan Daerah Kabupaten/Kota.
- BAPPEDA bertugas melaksanakan penyusunan dan pelaksanaan kebijakan daerah di bidang perencanaan pembangunan daerah dan statistik.
- Lembaga Teknis Daerah terdiri dari Badan Kepegawaian Daerah, Badan Pendidikan dan Pelatihan, Badan Perpustakaan dan Arsip Daerah, Badan Lingkungan Hidup, Badan Kesatuan Bangsa dan Perlindungan Masyarakat, Badan Ketahanan Pangan dan Penyuluhan, Badan Kerjasama dan Penanaman Modal, Badan Pemberdayaan Perempuan dan Masyarakat, dan Rumah Sakit Grhasia. Masing-masing lembaga ini memiliki tugas dan fungsi spesifik sesuai dengan bidangnya.
- Satuan Polisi Pamong Praja bertugas memelihara ketentraman dan ketertiban umum serta menegakkan Peraturan Daerah dan Peraturan Kepala Daerah.
Setiap lembaga memiliki susunan organisasi yang terdiri dari pimpinan, pembantu pimpinan (Sekretariat), dan pelaksana (Bidang-bidang atau Inspektur Pembantu).