Peraturan Menteri ini bertujuan untuk meningkatkan kinerja Universitas Papua (UNIPA) dalam melaksanakan pelayanan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat melalui penataan organisasi dan tata kerja. UNIPA merupakan perguruan tinggi di bawah Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi, bertanggung jawab langsung kepada Menteri. Organisasi UNIPA terdiri dari Senat, Rektor, Satuan Pengawas Internal, dan Dewan Pertimbangan. Rektor bertanggung jawab atas kebijakan non-akademik dan pengelolaan universitas, dibantu oleh Wakil Rektor yang mengurus bidang akademik, umum dan keuangan, kemahasiswaan dan alumni, serta perencanaan dan kerja sama. Fakultas dan Pascasarjana bertugas menyelenggarakan pendidikan akademik, vokasi, dan profesi. Lembaga di bawah Rektor melaksanakan tugas di bidang penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan penjaminan mutu. Unit Pelaksana Teknis (UPT) mendukung kegiatan akademik dan sumber belajar.