Peraturan Menteri Agama ini bertujuan untuk menata dan menyederhanakan struktur organisasi Universitas Islam Negeri Walisongo Semarang agar lebih proporsional, efektif, dan efisien dalam meningkatkan kinerja pelaksanaan tugas penyelenggaraan dan pelayanan pendidikan tinggi. Perubahan ini didasarkan pada persetujuan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini meliputi perubahan pada struktur organisasi universitas, khususnya terkait dengan:
- Jumlah dan bidang tugas Wakil Rektor (Pasal 7).
- Daftar Fakultas yang ada di Universitas (Pasal 10).
- Struktur Bagian Tata Usaha (Pasal 24).
- Penghapusan beberapa pasal terkait struktur organisasi yang sudah tidak relevan (Pasal 25, 26, 27, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 57, 58, 59, 60, 61, 70, 77).
- Fungsi Biro AUPK (Pasal 37) dan struktur Bagian Umum (Pasal 41).
- Struktur Biro AAKK (Pasal 53) dan Bagian Akademik dan Kemahasiswaan (Pasal 56).
- Struktur LPM (Pasal 66) dan tugas Pusat di bawah LPM (Pasal 69).
- Struktur LP2M (Pasal 73) dan tugas Pusat di bawah LP2M (Pasal 76).
- Daftar Unit Pelaksana Teknis (Pasal 79) dan tugas serta tanggung jawab Pusat Layanan Internasional (Pasal 83), Ma'had al Jami'ah (Pasal 84), dan Laboratorium Terpadu (Pasal 85).
- Jabatan struktural (Pasal 95).
- Penambahan pasal baru (Pasal 100A) yang memungkinkan pembentukan unit pengelola usaha untuk mendukung pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum.