Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 5 Tahun 2016 ini mengatur tentang pembentukan dan susunan Perangkat Daerah Kota Yogyakarta. Latar belakang pembentukan peraturan ini adalah untuk mewujudkan masyarakat yang mandiri dan sejahtera melalui peningkatan pelayanan dan pemberdayaan masyarakat, dengan perangkat daerah yang tepat fungsi dan tepat ukuran berdasarkan beban kerja, rasional, proporsional, efektif dan efisien. Pembentukan perangkat daerah ini juga untuk melaksanakan Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta dan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah.
Peraturan ini membentuk berbagai Perangkat Daerah, termasuk Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat Daerah, Dinas Daerah (dengan berbagai bidang urusan seperti pendidikan, kesehatan, pekerjaan umum, sosial, lingkungan hidup, dan lain-lain), Badan Daerah (seperti perencanaan pembangunan, pengelolaan keuangan, dan kepegawaian), dan Kecamatan. Setiap perangkat daerah memiliki tipe yang berbeda (Tipe A, B, atau C) yang menentukan susunan organisasi internalnya.
Peraturan ini juga mengatur tentang pembentukan Unit Pelaksana Teknis (UPT) pada Dinas Daerah atau Badan Daerah untuk melaksanakan kegiatan teknis operasional dan/atau kegiatan teknis penunjang tertentu. Selain itu, Walikota dibantu oleh Staf Ahli yang berjumlah paling banyak 3 orang. Pada Perangkat Daerah juga dapat dibentuk Kelompok Jabatan Fungsional.