Peraturan Daerah Kota Baubau Nomor 11 Tahun 2013 menetapkan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan Pemerintah Kota Baubau, meliputi urusan wajib dan urusan pilihan. Urusan wajib mencakup pendidikan, kesehatan, lingkungan hidup, pekerjaan umum, penataan ruang, perencanaan pembangunan, perumahan, kepemudaan dan olahraga, penanaman modal, koperasi, usaha kecil dan menengah, kependudukan dan catatan sipil, ketenagakerjaan, ketahanan pangan, pemberdayaan perempuan dan perlindungan anak, keluarga berencana dan keluarga sejahtera, perhubungan, komunikasi dan informatika, pertanahan, kesatuan bangsa dan politik dalam negeri, otonomi daerah, pemerintahan umum, administrasi keuangan daerah, perangkat daerah, kepegawaian dan persandian, pemberdayaan masyarakat dan kelurahan, sosial, kebudayaan, statistik, kearsipan, dan perpustakaan. Urusan pilihan meliputi perikanan, pertanian, kehutanan, energi dan sumber daya mineral, pariwisata, industri, perdagangan, dan ketransmigrasian. Prioritas urusan pilihan meliputi perdagangan, pariwisata, perikanan dan kelautan, pertanian, dan pertambangan. Penyelenggaraan urusan pemerintahan ini menjadi pedoman dalam penyusunan landasan hukum daerah, penyempurnaan organisasi perangkat daerah, penempatan personil, perencanaan urusan yang diprioritaskan, alokasi anggaran, serta penilaian kinerja dan pengawasan pelaksanaan otonomi daerah.