Peraturan Daerah ini membentuk Badan Penanggulangan Bencana Daerah (BPBD) Kota Jayapura sebagai respons terhadap Undang-Undang Nomor 24 Tahun 2007 tentang Penanggulangan Bencana dan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 46 Tahun 2008. BPBD berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Walikota, dengan Kepala Badan dijabat secara ex-officio oleh Sekretaris Daerah. Tugas BPBD meliputi penetapan pedoman penanggulangan bencana, standarisasi penyelenggaraan penanggulangan bencana, penyusunan peta rawan bencana, penyusunan prosedur tetap penanganan bencana, pelaporan penyelenggaraan penanggulangan bencana, dan pertanggungjawaban penggunaan dana. Fungsi BPBD adalah perumusan dan penetapan kebijakan penanggulangan bencana serta pengkoordinasian pelaksanaan kegiatan penanggulangan bencana. Susunan organisasi BPBD terdiri dari Kepala, Unsur Pengarah (Instansi dan Profesional/Ahli), dan Unsur Pelaksana (Sekretariat dan Bidang-Bidang). Kepala Pelaksana bertugas melaksanakan penanggulangan bencana secara terintegrasi meliputi pra bencana, saat tanggap darurat, dan pasca bencana, dengan fungsi pengkoordinasian, pengkomandaan, dan pelaksanaan. Pembiayaan BPBD dibebankan pada Anggaran Pendapatan Belanja Daerah Kota Jayapura dan sumber anggaran lainnya yang sah.