Peraturan Menteri Agama Nomor 44 Tahun 2013 ini bertujuan untuk meningkatkan mutu penyelenggaraan dan pelayanan pendidikan tinggi di Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Manado. Peraturan ini menetapkan struktur organisasi dan tata kerja yang baru untuk Sekolah Tinggi tersebut. Sekolah Tinggi ini berada di bawah Kementerian Agama dan bertanggung jawab kepada Menteri Agama, dengan pembinaan fungsional oleh Direktur Jenderal Pendidikan Islam. Tugas utama Sekolah Tinggi adalah menyelenggarakan pendidikan tinggi dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Islam, termasuk program akademik, vokasi, dan profesi, serta penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Organisasi Sekolah Tinggi terdiri dari organ pengelola dan organ pertimbangan, dengan organ pengelola meliputi Ketua, Wakil Ketua, Jurusan, Pascasarjana, Bagian Administrasi, Pusat, dan Unit Pelaksana Teknis. Setiap bagian memiliki tugas dan fungsi spesifik yang mendukung pelaksanaan pendidikan dan administrasi di Sekolah Tinggi.