Peraturan Daerah ini mengatur tentang pembentukan dan susunan Perangkat Daerah Kabupaten Nunukan. Latar belakang pembentukan peraturan ini adalah untuk mengoptimalkan penyelenggaraan Pemerintahan Daerah dalam pelaksanaan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah, serta adanya perubahan signifikan dalam pembagian Urusan Pemerintahan Konkuren. Tujuan dari peraturan ini adalah untuk mewujudkan Perangkat Daerah yang rasional, proporsional, efektif, dan efisien.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup pembentukan Perangkat Daerah yang terdiri dari Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat, Dinas Daerah, Badan Daerah, dan Kecamatan. Setiap Perangkat Daerah memiliki tipe yang berbeda (A, B, atau C) yang menentukan susunan organisasi internalnya. Dinas Daerah meliputi berbagai bidang seperti Pendidikan dan Kebudayaan, Kesehatan, Pekerjaan Umum, dan lainnya. Badan Daerah meliputi Perencanaan Pembangunan, Pengelola Keuangan, dan lainnya. Kecamatan juga diatur berdasarkan tipe.
Peraturan ini juga mengatur tentang susunan organisasi masing-masing Perangkat Daerah, termasuk jumlah asisten, bagian, subbagian, bidang, dan seksi. Selain itu, diatur pula mengenai Unit Pelaksana Teknis (UPT) pada Dinas dan Badan Daerah, serta keberadaan Staf Ahli Bupati. Pengangkatan dan pemberhentian Aparatur Sipil Negara pada Perangkat Daerah dilakukan oleh Bupati sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.