Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 15 Tahun 2011 ini ditetapkan untuk mengatur organisasi dan tata kerja Universitas Borneo Tarakan (UBT) dengan tujuan meningkatkan mutu dan pemerataan pendidikan tinggi. UBT merupakan perguruan tinggi di bawah Kementerian Pendidikan Nasional yang bertanggung jawab kepada Menteri Pendidikan Nasional. Struktur organisasi UBT terdiri dari Rektor, Wakil Rektor, Biro, Fakultas, Lembaga, dan Unit Pelaksana Teknis. Rektor bertugas memimpin penyelenggaraan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Wakil Rektor membantu Rektor dalam bidang akademik, kemahasiswaan, kerja sama, perencanaan, dan keuangan. Biro berfungsi sebagai pelaksana administrasi, sedangkan Fakultas bertanggung jawab atas pelaksanaan pendidikan di berbagai cabang ilmu. Lembaga berfokus pada penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan penjaminan mutu. Unit Pelaksana Teknis mendukung kegiatan tridharma di UBT.