Peraturan Menteri Agama ini menetapkan Statuta Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Fattahul Muluk Papua sebagai dasar pengelolaan Institut. Statuta ini mencakup identitas Institut (nama, kedudukan, lambang, mars, himne, bendera, busana akademik), penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi (pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat), sistem pengelolaan (organisasi, Rektor, Senat, Satuan Pengawasan Internal, Dewan Pertimbangan, perangkat Rektor, ketenagaan, konsorsium keilmuan, mahasiswa, alumni), sistem penjaminan mutu internal, tata kelola, kode etik, tata cara penetapan keputusan, perencanaan, pendanaan, pengadaan barang/jasa, kekayaan, sarana dan prasarana, serta kerja sama.
Institut bertujuan mewujudkan akses layanan pendidikan tinggi keagamaan yang bermutu, menghasilkan sumber daya manusia yang kompetitif, dan mewujudkan Tridharma Perguruan Tinggi yang dinamis. Strategi Institut meliputi penyelenggaraan pendidikan terintegrasi, penelitian berbasis kearifan lokal, pengabdian kepada masyarakat yang berorientasi pada wawasan sosial keagamaan, dan pengembangan kerja sama yang inovatif.