Peraturan Menteri ini bertujuan untuk mengendalikan residu obat ikan, bahan kimia, dan kontaminan pada kegiatan pembudidayaan ikan konsumsi guna menjamin mutu dan keamanan ikan. Pengendalian residu dilakukan pada tahap pembenihan dan pembesaran melalui monitoring, investigasi, dan tindakan perbaikan yang dilaksanakan oleh Direktur Jenderal Perikanan Budidaya dan gubernur.
Monitoring residu dilakukan berdasarkan Rencana Monitoring Residu Nasional yang disusun setiap tahun dan memuat jenis ikan, lokasi monitoring, jumlah sampel, laboratorium, dan instansi terkait. Pelaksanaan monitoring meliputi pengambilan sampel oleh Dinas Provinsi berdasarkan prinsip keterwakilan dan berbasis risiko. Sampel diuji melalui uji penapisan (screening) dan uji konfirmatori (confirmatory) di laboratorium terakreditasi. Hasil pengujian dievaluasi untuk menentukan tindakan selanjutnya, termasuk investigasi jika ditemukan kandungan residu melebihi batas yang ditetapkan.
Investigasi dilakukan untuk mengidentifikasi sumber penyebab residu dan mengambil sampel pakan, air, dan sedimen. Berdasarkan hasil investigasi, Direktur Jenderal memberikan rekomendasi tindakan perbaikan kepada Dinas Provinsi, yang meliputi peningkatan pengendalian, rekomendasi untuk tidak mengedarkan ikan, dan perbaikan proses produksi. Pengendalian residu dilakukan dengan menggunakan Sistem Informasi Manajemen Pengendalian Residu untuk pencatatan dan penelusuran ikan hasil pembudidayaan. Dinas Provinsi wajib menyampaikan laporan pelaksanaan pengendalian residu setiap tiga bulan kepada Direktur Jenderal, yang kemudian melaporkannya kepada Otoritas Kompeten setiap tahun.