Peraturan Menteri ini mengatur tentang harmonisasi sistem pemeriksaan dan sertifikasi pada kapal berbendera Indonesia. Tujuan dari harmonisasi ini adalah untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas pelayanan sertifikasi kapal guna mendukung keselamatan pelayaran dengan menciptakan keseragaman jadwal pemeriksaan dan masa berlaku sertifikat. Harmonisasi ini dikecualikan untuk kapal perang, kapal pengangkut tentara, kapal negara yang tidak dipergunakan untuk niaga, kapal kayu yang dibangun secara tradisional, kapal pesiar wisata yang tidak dipergunakan untuk kepentingan niaga, dan kapal penangkap ikan.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup jenis-jenis pemeriksaan kapal seperti pemeriksaan keselamatan kapal, pemeriksaan garis muat kapal, pemeriksaan pencegahan pencemaran kapal, pemeriksaan manajemen air balas kapal, pemeriksaan sesuai koda, pemeriksaan kapal yang berganti bendera dari negara lain, dan pemeriksaan untuk kapal yang beroperasi di perairan kutub. Setiap jenis pemeriksaan memiliki tahapan seperti pemeriksaan pertama, tahunan, berkala, antara, pembaharuan, dan tambahan. Peraturan ini juga mengatur kegiatan pemeriksaan yang meliputi pemeriksaan pertama, tahunan, berkala, antara, pembaharuan, bagian luar dasar kapal, dan pemeriksaan tambahan yang dilaksanakan oleh Pejabat Pemeriksa Keselamatan Kapal atau Surveyor dari Organisasi Yang Diakui. Kegiatan pemeriksaan dapat dilaksanakan dengan pemeriksaan fisik di atas kapal atau menggunakan metode pemeriksaan jarak jauh melalui aplikasi dalam jaringan pada kondisi tertentu.
Peraturan ini juga mengatur penerbitan sertifikat kapal, baik sertifikat sementara maupun permanen, serta masa berlakunya. Sertifikat diterbitkan oleh Menteri dan memiliki masa berlaku yang berbeda tergantung pada jenis kapal (barang atau penumpang) dan jenis sertifikat. Direktur Jenderal Perhubungan Laut melaksanakan pembinaan dan pengawasan teknis terhadap pelaksanaan Peraturan Menteri ini.