Peraturan Menteri ini mengatur tentang pengelolaan kawasan konservasi yang meliputi perencanaan, penetapan, pemanfaatan, pengawasan, evaluasi, dan pendanaan kawasan konservasi. Perencanaan kawasan konservasi mencakup alokasi ruang melalui rencana tata ruang laut dan rencana zonasi wilayah pesisir dan pulau-pulau kecil, dengan kategori taman, suaka, dan kawasan konservasi maritim. Penetapan kawasan konservasi meliputi tahapan usulan inisiatif, identifikasi dan inventarisasi, pencadangan, dan penetapan, termasuk zonasi kawasan konservasi yang terdiri dari zona inti, zona pemanfaatan terbatas, dan zona lain sesuai peruntukan kawasan. Pemanfaatan kawasan konservasi diatur berdasarkan kategori dan zonasi, meliputi kegiatan penangkapan ikan, pembudidayaan ikan, pariwisata alam perairan, penelitian dan pendidikan, pendirian bangunan laut, pemanfaatan air laut selain energi, transportasi perairan, serta pelaksanaan adat istiadat dan ritual keagamaan. Pengawasan dan evaluasi pengelolaan kawasan konservasi dilakukan untuk menilai capaian tujuan pengelolaan. Pendanaan kawasan konservasi bersumber dari APBN, APBD, dan sumber lain yang sah.