Peraturan Daerah ini membentuk organisasi dan tata kerja Dinas Sumber Daya Air, Pertambangan dan Energi Kabupaten Kebumen, serta Unit Pelaksana Teknis (UPTD) di bawahnya. Dinas ini bertugas melaksanakan kewenangan otonomi daerah di bidang sumber daya air, pertambangan, dan energi, meliputi perumusan kebijakan teknis, penyusunan rencana dan program kerja, pembangunan dan pemeliharaan prasarana, pengawasan dan pengendalian teknis, pengaturan pemanfaatan sumber daya, fasilitasi koordinasi dan kerjasama, pengelolaan perizinan, serta pengelolaan urusan kepegawaian, keuangan, dan umum. Struktur organisasi dinas terdiri dari Kepala Dinas, Bagian Tata Usaha, Bidang Program, Bidang Irigasi, Bidang Sungai dan Drainase, Bidang Pertambangan dan Energi, UPTD, dan Kelompok Jabatan Fungsional. UPTD terdiri dari Balai Pengelolaan Sumber Daya Air dan Balai Pengelolaan Pertambangan dan Energi, masing-masing dengan wilayah kerja yang telah ditentukan.