1. Pada saat Peraturan Presiden ini mulai berlaku, semua kekayaan, mahasiswa, hak, dan kewajiban dari Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Tulungagung dialihkan menjadi kekayaan, mahasiswa, hak, dan kewajiban Institut Agama Islam Negeri Tulungagung.
2. Pada saat Peraturan Presiden ini mulai berlaku, semua pegawai yang bekerja pada Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Tulungagung tetap menjalankan tugasnya sampai dengan ditetapkannya status kepegawaian yang bersangkutan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
3. Pada saat Peraturan Presiden ini mulai berlaku, semua ketentuan mengenai Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Tulungagung yang tidak bertentangan dengan Peraturan Presiden ini masih tetap berlaku sampai dengan diubah dan/atau diadakan peraturan yang baru berdasarkan Peraturan Presiden ini.