Peraturan Pemerintah Nomor 6 Tahun 1988 bertujuan untuk memantapkan pengaturan koordinasi kegiatan Instansi Vertikal di daerah guna mencapai keselarasan dan keberhasilan pembangunan. Kepala Wilayah, yang meliputi Gubernur, Bupati, Walikotamadya, Walikota, dan Camat, bertanggung jawab untuk menyelenggarakan koordinasi antara Instansi Vertikal dan Dinas Daerah. Koordinasi ini mencakup identifikasi kepentingan antar instansi, pemaduan kegiatan, penyerasian jadwal, serta evaluasi pelaksanaan tugas. Kepala Instansi Vertikal wajib melaporkan kebijakan dan rencana kegiatan kepada Kepala Wilayah dan mematuhi petunjuk umum yang diberikan. Kepala Dinas Daerah juga memiliki kewajiban serupa dalam melaporkan dan mematuhi petunjuk Kepala Wilayah. Hubungan antara Kepala Wilayah, Kepala Instansi Vertikal, dan Kepala Dinas Daerah diatur untuk memastikan koordinasi yang efektif dan efisien.