Peraturan ini diterbitkan untuk memperbarui tata kelola Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Kota Yogyakarta agar lebih adaptif terhadap perkembangan hukum dan kondisi terkini, guna menjamin pelayanan kesehatan yang bermutu dan berfokus pada keselamatan pasien. Perubahan ini mencakup penyesuaian struktur kelembagaan RSUD yang kini terdiri dari pejabat pengelola, pejabat struktural, kelompok jabatan fungsional dan non-fungsional, dewan pengawas, satuan pemeriksaan internal, komite, instalasi, serta unit kerja.
Peraturan ini merinci susunan jabatan struktural RSUD, mulai dari Direktur hingga Kepala Subbagian. Direktur RSUD memiliki tanggung jawab strategis, termasuk kepatuhan terhadap peraturan, penetapan kebijakan anti-korupsi dan fraud, pengelolaan sumber daya, serta pelaporan berkala mengenai mutu dan keselamatan pasien kepada Dewan Pengawas. Selain itu, Direktur diwajibkan menyusun pola tata kelola staf medis, keperawatan, dan profesi kesehatan lainnya. Syarat pengangkatan Direktur diperketat dengan kewajiban memiliki kompetensi manajemen rumah sakit, sertifikasi pelatihan manajerial, serta pernyataan kesanggupan menjalankan praktik bisnis sehat.
Lebih lanjut, peraturan ini mengatur tugas Kepala Instalasi dalam merencanakan dan mengevaluasi kegiatan pelayanan, serta memperkenalkan pembentukan Unit Kerja Fungsional dan tim kerja untuk mendukung efektivitas operasional RSUD. Seluruh pejabat struktural dan fungsional, termasuk Kepala Bagian, Bidang, Tim Kerja, Sub Bagian, Unit Kerja, Instalasi, dan Ketua Komite, diwajibkan menyampaikan laporan kinerja kepada atasan masing-masing secara berjenjang.