Peraturan Daerah Kabupaten Ngada Nomor 3 Tahun 2016 mengatur tentang pemilihan Kepala Desa. Latar belakangnya adalah untuk melaksanakan ketentuan Pasal 49 ayat (1) Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 112 Tahun 2014 tentang Pemilihan Kepala Desa. Tujuan dari peraturan ini adalah untuk membentuk landasan hukum yang sesuai dengan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa dan peraturan pelaksanaannya.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup tahapan pemilihan Kepala Desa yang meliputi persiapan, pencalonan, pemungutan suara, dan penetapan. Peraturan ini juga mengatur pembentukan panitia pemilihan di tingkat kabupaten, kecamatan, dan desa, serta tugas dan wewenang masing-masing panitia. Selain itu, diatur pula mengenai persyaratan calon Kepala Desa, pendaftaran pemilih, kampanye, pemungutan suara, penghitungan suara, penetapan calon terpilih, mekanisme pengaduan dan penyelesaian masalah, serta biaya pemilihan.
Peraturan ini juga mengatur mengenai masa jabatan Kepala Desa, Kepala Desa, Perangkat Desa, BPD dan Pegawai Negeri Sipil sebagai calon Kepala Desa, pengangkatan Penjabat Kepala Desa, pemberhentian Kepala Desa, dan pemilihan Kepala Desa Antar Waktu.