Peraturan Menteri ini mengatur tentang tata cara pemanfaatan jenis ikan dan genetik ikan dengan tujuan menciptakan tertib pemanfaatan berdasarkan prinsip kehati-hatian dan dasar ilmiah untuk mencegah kerusakan populasi sumber daya ikan. Tata cara pemanfaatan meliputi tahapan pemanfaatan, penetapan kuota, perizinan, peredaran jenis ikan, pengawasan dan pengendalian, serta sanksi.
Kewenangan diberikan kepada Direktur Jenderal untuk menerbitkan perizinan pemanfaatan jenis ikan dan genetik ikan, yang dapat didelegasikan kepada kepala balai/loka. Jenis perizinan meliputi surat izin penelitian dan pengembangan, pengembangbiakan, perdagangan, aquaria, pertukaran, pemeliharaan untuk kesenangan, dan pengambilan ikan dari alam. Setiap permohonan izin harus memenuhi persyaratan teknis dan administratif, termasuk proposal yang memuat data perusahaan, asal usul jenis ikan, teknis pelaksanaan, sarana prasarana, dan program pembinaan konservasi.
Peraturan ini juga mengatur tentang peredaran jenis ikan dan genetik ikan, yang terdiri dari peredaran dalam negeri dan luar negeri, yang wajib dilengkapi dengan surat izin angkut ikan (SAI). Kegiatan pemanfaatan jenis ikan dari alam dikenakan pungutan perikanan sebagai biaya konservasi. Pengawasan dan pengendalian dilakukan melalui pengaturan perizinan, monitoring dan evaluasi, serta pemeriksaan lapangan.