Peraturan Menteri ini bertujuan untuk meningkatkan kinerja Politeknik Negeri Kupang (PNK) dalam pelayanan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat, serta menindaklanjuti kebijakan penyederhanaan birokrasi. Penataan organisasi dan tata kerja PNK telah disetujui oleh Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup susunan organisasi PNK yang terdiri dari Senat, Pemimpin (Direktur), Satuan Pengawas Internal, dan Dewan Penyantun. Direktur dibantu oleh wakil direktur yang membidangi akademik; perencanaan, keuangan, dan umum; kemahasiswaan dan alumni; serta kerja sama dan sistem informasi. Unsur organisasi di bawah pemimpin meliputi pelaksana akademik (jurusan dan pusat penelitian), pelaksana administrasi (bagian), penjaminan mutu (pusat penjaminan mutu), dan penunjang akademik (unit penunjang akademik seperti perpustakaan dan pusat bahasa).
Jurusan bertugas menyelenggarakan pendidikan vokasi dan/atau profesi. Bagian melaksanakan pelayanan teknis dan administrasi. Pusat melaksanakan fungsi penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan penjaminan mutu. Unit penunjang akademik memberikan dukungan di bidang perpustakaan, teknologi informasi, bahasa, dan lainnya. Peraturan ini juga mengatur tugas dan fungsi masing-masing unsur organisasi tersebut.