Peraturan Menteri ini bertujuan untuk menata organisasi dan tata kerja Institut Seni Indonesia Yogyakarta (ISI Yogyakarta) untuk meningkatkan kinerja dalam pelayanan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat, serta menindaklanjuti kebijakan penyederhanaan birokrasi. ISI Yogyakarta, sebagai perguruan tinggi negeri di bawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi, bertugas menyelenggarakan pendidikan akademik, vokasi, dan profesi. Fungsi ISI Yogyakarta meliputi pelaksanaan dan pengembangan pendidikan tinggi, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, pembinaan sivitas akademika, dan pelaksanaan kegiatan administrasi.
Organisasi ISI Yogyakarta terdiri dari Senat, pemimpin (Rektor), Satuan Pengawas Internal, dan Dewan Penyantun. Rektor dibantu oleh wakil rektor yang membidangi akademik dan perencanaan, keuangan dan umum, serta kemahasiswaan, kerja sama, dan alumni. Unsur organisasi di bawah pemimpin meliputi pelaksana akademik (fakultas, Program Pascasarjana, lembaga penelitian dan pengabdian kepada masyarakat), pelaksana administrasi (biro), penjaminan mutu, dan penunjang akademik (unit penunjang akademik seperti perpustakaan, teknologi informasi, bahasa, galeri seni, pertunjukan seni, pengembangan karier, dan layanan uji kompetensi).
Fakultas bertugas menyelenggarakan pendidikan akademik, vokasi, dan profesi, dengan susunan organisasi meliputi dekan, senat fakultas, jurusan, laboratorium, bagian umum, dan kelompok jabatan fungsional. Program Pascasarjana melaksanakan pendidikan magister dan doktor. Biro, yang terdiri dari Biro Akademik, Kemahasiswaan, dan Kerja Sama serta Biro Perencanaan, Keuangan, dan Umum, menyelenggarakan pelayanan teknis dan administrasi. Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat serta Lembaga Penjaminan Mutu dan Pengembangan Pembelajaran melaksanakan fungsi koordinasi, pelaksanaan, pemantauan, dan evaluasi kegiatan masing-masing.