Peraturan Daerah Kota Jayapura ini mengatur tentang pajak daerah yang menjadi kewenangan Kota Jayapura berdasarkan Undang-Undang Nomor 28 Tahun 2009 tentang Pajak Daerah dan Retribusi Daerah. Jenis pajak yang diatur meliputi Pajak Hotel, Pajak Restoran, Pajak Hiburan, Pajak Reklame, Pajak Penerangan Jalan, Pajak Mineral Bukan Logam dan Batuan, Pajak Parkir, dan Pajak Air Tanah. Setiap jenis pajak memiliki ketentuan spesifik mengenai objek, subjek, dasar pengenaan, tarif, dan cara perhitungan pajak.
Peraturan ini juga mengatur sistem pemungutan pajak, yang meliputi pembayaran sendiri oleh Wajib Pajak untuk beberapa jenis pajak dan penetapan oleh Walikota melalui surat ketetapan pajak untuk jenis pajak lainnya. Wajib Pajak yang membayar sendiri pajaknya diwajibkan mengisi dan menyampaikan Surat Pemberitahuan Pajak Daerah (SPTPD). Walikota dapat menerbitkan Surat Ketetapan Pajak Daerah Kurang Bayar (SKPDKB), Surat Ketetapan Pajak Daerah Kurang Bayar Tambahan (SKPDKBT), atau Surat Ketetapan Pajak Daerah Nihil (SKPDN) dalam jangka waktu tertentu setelah saat terutangnya pajak.
Selain itu, peraturan ini mengatur tata cara pembayaran dan penagihan pajak, termasuk penerbitan Surat Tagihan Pajak Daerah (STPD) jika terdapat kekurangan pembayaran. Hak untuk melakukan penagihan pajak menjadi kedaluwarsa setelah 5 tahun, kecuali jika Wajib Pajak melakukan tindak pidana di bidang perpajakan daerah. Instansi yang melaksanakan pemungutan pajak dapat diberikan insentif berdasarkan pencapaian kinerja tertentu.