Peraturan Daerah ini menetapkan Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) Kabupaten Malinau untuk Tahun Anggaran 2016. APBD ini mencakup total anggaran sebesar Rp. 1.829.691.709.486,86, yang terdiri dari pendapatan sebesar Rp. 1.431.844.650.000,00 dan belanja daerah sebesar Rp. 1.829.691.709.486,86, sehingga terdapat defisit sebesar (Rp. 397.847.059.486,86). Defisit ini ditutupi melalui pembiayaan daerah, yang terdiri dari penerimaan pembiayaan daerah sebesar Rp. 399.347.059.486,86 dan pengeluaran pembiayaan daerah sebesar Rp. 1.500.000.000,00, menghasilkan pembiayaan netto sebesar Rp. 397.847.059.486,86.
Pendapatan daerah terdiri dari Pendapatan Asli Daerah (PAD), Dana Perimbangan, dan Lain-lain Pendapatan Daerah yang Sah. PAD mencakup pendapatan pajak daerah, hasil retribusi daerah, hasil pengelolaan kekayaan daerah yang dipisahkan, dan lain-lain PAD yang sah. Dana Perimbangan terdiri dari bagi hasil pajak/bukan pajak, Dana Alokasi Umum (DAU), Dana Alokasi Khusus (DAK) fisik, dan DAK non-fisik. Lain-lain pendapatan daerah yang sah meliputi dana bagi hasil pajak dari provinsi dan pemerintah daerah lainnya, dana penyesuaian dan otonomi khusus, serta bantuan keuangan dari provinsi atau pemerintah daerah lainnya.
Belanja daerah terdiri dari Belanja Tidak Langsung dan Belanja Langsung. Belanja Tidak Langsung mencakup belanja pegawai, belanja subsidi, belanja hibah, belanja bantuan sosial, belanja bantuan keuangan kepada provinsi/kabupaten/kota dan pemerintah desa, serta belanja tidak terduga. Belanja Langsung mencakup belanja pegawai, belanja barang dan jasa, serta belanja modal.
Pembiayaan daerah terdiri dari penerimaan dan pengeluaran. Penerimaan pembiayaan berasal dari sisa lebih perhitungan anggaran tahun anggaran sebelumnya. Pengeluaran pembiayaan digunakan untuk pemberian pinjaman daerah.