Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 8 Tahun 2019 menetapkan Standar Pelayanan Minimum (SPM) untuk Universitas Khairun. Tujuan utama dari kebijakan ini adalah untuk memastikan bahwa Universitas Khairun memberikan layanan pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan layanan administrasi yang berkualitas kepada masyarakat. Kebijakan ini mengatur tanggung jawab pimpinan unit organisasi di Universitas Khairun untuk menerapkan dan mencapai SPM sesuai dengan kewenangan mereka. Ruang lingkup SPM mencakup pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan layanan administrasi, dengan subkomponen yang terperinci untuk masing-masing komponen. Setiap jenis layanan memiliki indikator kinerja dan target waktu pencapaian. Evaluasi SPM dilakukan setidaknya sekali setahun oleh Rektor Universitas Khairun, dan hasilnya digunakan untuk penyempurnaan SPM. Sistem Informasi SPM Unkhair diselenggarakan untuk mendukung penerapan dan pencapaian SPM, meliputi sistem informasi akademik, perencanaan, keuangan, penelitian, pengabdian masyarakat, dan alumni. Laporan penerapan dan pencapaian SPM disampaikan setiap semester kepada Dewan Pengawas.