Peraturan Daerah Kabupaten Boven Digoel Nomor 6 Tahun 2008 mengatur tentang susunan organisasi dan tata kerja Sekretariat Daerah (Setda) dan Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) Kabupaten Boven Digoel.
Sekretariat Daerah bertugas membantu Bupati dalam menyusun kebijakan dan mengkoordinasikan dinas daerah dan lembaga teknis daerah. Fungsi Setda meliputi pengkoordinasian perumusan kebijakan pemerintah daerah, pengkoordinasian perangkat daerah, serta pengelolaan sumber daya aparatur, keuangan, prasarana, dan sarana pemerintah daerah. Susunan organisasi Setda terdiri dari Sekretaris Daerah, Asisten Bidang Pemerintahan, Asisten Bidang Pembangunan dan Kesejahteraan Rakyat, dan Asisten Bidang Administrasi Umum, serta bagian-bagian di bawahnya. Bupati dapat mengangkat staf ahli untuk membantu pelaksanaan tugasnya.
Sekretariat DPRD bertugas menyelenggarakan administrasi kesekretariatan dan keuangan, mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi DPRD, serta menyediakan dan mengoordinasikan tenaga ahli yang diperlukan DPRD. Fungsi Sekretariat DPRD meliputi penyelenggaraan administrasi sekretariat DPRD, administrasi keuangan DPRD, penyelenggaraan rapat-rapat DPRD, serta penyediaan dan pengordinasian tenaga ahli. Susunan organisasi Sekretariat DPRD terdiri dari Sekretaris DPRD dan bagian-bagian di bawahnya.