Keputusan Presiden Nomor 39 Tahun 1969 bertujuan untuk meningkatkan efisiensi dan kelancaran pelaksanaan tugas-tugas Kabinet Pembangunan dengan merubah dan menambah nama serta jumlah Direktorat Jenderal di beberapa Departemen. Perubahan ini meliputi Departemen Luar Negeri, Kehakiman, Pendidikan dan Kebudayaan, Agama, Kesehatan, Perdagangan, Perindustrian, serta Pekerjaan Umum dan Tenaga Listrik. Misalnya, Direktorat Jenderal Urusan Umum di Departemen Luar Negeri diubah menjadi Direktorat Jenderal Pengamanan dan Komunikasi. Selain itu, beberapa direktorat dihapuskan dan digabungkan, seperti Direktorat Jenderal Pendidikan Dasar dan Perguruan Tinggi yang digabung menjadi Direktorat Jenderal Pendidikan.