Peraturan Menteri Agama ini bertujuan untuk menata kembali organisasi dan tata kerja Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Purwokerto guna meningkatkan mutu penyelenggaraan dan pelayanan pendidikan tinggi. STAIN Purwokerto adalah perguruan tinggi yang diselenggarakan oleh Kementerian Agama dan secara fungsional dibina oleh Direktur Jenderal Pendidikan Islam. Sekolah Tinggi bertugas melaksanakan pendidikan tinggi yang meliputi program pendidikan akademik, vokasi, dan/atau profesi, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Islam.
Organisasi Sekolah Tinggi terdiri dari organ pengelola dan organ pertimbangan. Organ pengelola meliputi Ketua dan Wakil Ketua, Jurusan (Tarbiyah, Syariah dan Ekonomi Islam, Dakwah dan Komunikasi), Pascasarjana, Bagian Administrasi Umum, Akademik, dan Keuangan (AUAK), Pusat (Pusat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat, Pusat Penjaminan Mutu), dan Unit Pelaksana Teknis (Perpustakaan, Teknologi Informasi dan Pangkalan Data, Pengembangan Bahasa). Organ pertimbangan terdiri dari Dewan Penyantun dan Senat Sekolah Tinggi. Ketua dibantu oleh tiga Wakil Ketua yang masing-masing membidangi akademik dan pengembangan lembaga, administrasi umum, perencanaan dan keuangan, serta kemahasiswaan dan kerjasama. Bagian AUAK melaksanakan administrasi umum, keuangan, perencanaan, organisasi, tata laksana, kepegawaian, hukum dan perundang-undangan, serta administrasi akademik, kemahasiswaan, alumni, dan kerjasama.
on desktop.