Peraturan Daerah Kota Manado Nomor 2 Tahun 2016 ini dibentuk dengan tujuan untuk melaksanakan ketentuan Pasal 3 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah. Latar belakang pembentukan peraturan ini adalah untuk menata perangkat daerah yang efisien, efektif, dan rasional sesuai dengan kebutuhan nyata dan kemampuan daerah, serta untuk memberikan solusi atas berbagai permasalahan kelembagaan perangkat daerah.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini meliputi pembentukan dan susunan Perangkat Daerah Kota Manado. Perangkat Daerah terdiri dari Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat, Dinas Daerah, dan Badan Daerah. Dinas Daerah terdiri dari berbagai dinas yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di berbagai bidang, seperti pendidikan, kesehatan, pekerjaan umum, perumahan, kebakaran, sosial, kependudukan, komunikasi dan informatika, koperasi, lingkungan hidup, pertanian, pariwisata, pemberdayaan perempuan, pemuda dan olahraga, pengendalian penduduk, perhubungan, perindustrian dan perdagangan, perpustakaan dan kearsipan, tenaga kerja, penanaman modal dan pelayanan perizinan, serta pangan. Badan Daerah terdiri dari badan perencanaan, keuangan, pajak dan retribusi, serta kepegawaian, pendidikan dan pelatihan. Selain itu, Kecamatan juga ditetapkan sebagai perangkat daerah. Peraturan ini juga mengatur tentang pembentukan Unit Pelaksana Teknis (UPT) pada Dinas Daerah dan Badan Daerah, serta keberadaan staf ahli Walikota.