1. Semua kekayaan, pegawai, hak, dan kewajiban dari Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Kupang dialihkan menjadi kekayaan, pegawai, hak, dan kewajiban Institut Agama Kristen Negeri Kupang.
2. Semua mahasiswa dari Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Kupang dialihkan menjadi mahasiswa Institut Agama Kristen Negeri Kupang.
3. Penataan organisasi, kepegawaian, anggaran, dan kegiatan lain yang terkait dengan proses pengalihan menjadi tanggung jawab menteri/pimpinan lembaga pemerintah nonkementerian sesuai dengan kewenangan masing-masing.
4. Semua peraturan perundang-undangan yang merupakan pelaksanaan dari Peraturan Presiden Nomor 69 Tahun 2011 tetap berlaku sepanjang tidak bertentangan dengan ketentuan dalam Peraturan Presiden ini.