Peraturan Badan ini bertujuan untuk menjamin internalisasi Pancasila sebagai sumber dari segala sumber hukum dalam rancangan peraturan menteri, rancangan peraturan lembaga pemerintah nonkementerian, rancangan peraturan dari lembaga nonstruktural, dan rancangan peraturan perundang-undangan yang dibentuk di daerah. Selain itu, peraturan ini berfungsi sebagai pedoman bagi BPIP dalam melakukan penyelarasan terhadap rancangan-rancangan peraturan tersebut dengan nilai dasar Pancasila.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup:
1. Penyelarasan dilakukan terhadap rancangan peraturan menteri, rancangan peraturan lembaga nonkementerian, rancangan peraturan dari lembaga nonstruktural, dan rancangan peraturan perundang-undangan yang dibentuk di daerah (provinsi dan kabupaten/kota).
2. Kepala BPIP menugaskan Deputi untuk melakukan penyelarasan, yang kemudian membentuk Tim Penyelarasan dengan masa tugas satu tahun.
3. Tim Penyelarasan terdiri dari dua kelompok, yaitu TP I (bidang politik, pemerintahan, hankam, hukum, HAM, SDM, kelembagaan, dan kesejahteraan rakyat) dan TP II (bidang perekonomian, moneter, jasa keuangan, BUMN, investasi, perencanaan pembangunan nasional dan fiskal, SDA, lingkungan hidup, kehutanan, prasarana, pertanian, agraria, tata ruang, perindustrian, perdagangan, riset, dan teknologi).
4. Tim Penyelarasan bertugas melakukan analisis, merumuskan kesimpulan (selaras atau belum selaras dengan nilai dasar Pancasila), merumuskan rekomendasi penyesuaian, dan menyampaikan hasil kepada Deputi.
5. Pengambilan kesimpulan dilakukan secara musyawarah mufakat. Jika tidak tercapai, kesimpulan ditetapkan oleh Deputi dan/atau Direktur, Kepala/Wakil Kepala, atau Ketua Dewan Pengarah secara berjenjang.
6. Deputi menerbitkan keterangan tertulis yang menyatakan materi muatan rancangan peraturan selaras atau belum selaras dengan nilai dasar Pancasila. Jika belum selaras, keterangan tertulis memuat uraian dan rekomendasi penyesuaian.