Peraturan Daerah Kota Pekalongan Nomor 17 Tahun 2013 ini mengubah Peraturan Daerah Kota Pekalongan Nomor 1 Tahun 2011 tentang Organisasi dan Tata Kerja Perangkat Daerah Kota Pekalongan. Latar belakang perubahan ini adalah untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas kelembagaan pemerintah daerah. Tujuan dari perubahan ini adalah untuk menciptakan organisasi yang efisien, efektif, rasional, profesional, dan akuntabel, sesuai dengan kemampuan dan kebutuhan daerah.
Perubahan-perubahan substansial meliputi:
1. Penambahan definisi baru pada Pasal 1, termasuk definisi Kantor Riset, Teknologi dan Inovasi (Ristek dan Inovasi), Pajak Bumi dan Bangunan Perdesaan dan Perkotaan (PBB), Bea Perolehan Hak Atas Tanah dan Bangunan (BPHTB), dan Badan Penanggulangan Bencana Daerah (BPBD).
2. Pembentukan Kantor Ristek dan Inovasi sebagai Lembaga Teknis Daerah.
3. Perubahan susunan organisasi Sekretariat Daerah, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, Badan Pemberdayaan Masyarakat, Perempuan, Perlindungan Anak dan Keluarga Berencana, Badan Lingkungan Hidup, Kantor Kesatuan Bangsa dan Politik, Rumah Sakit Umum Daerah, Dinas Pendidikan Pemuda dan Olah Raga, Dinas Komunikasi dan Informatika, Dinas Pekerjaan Umum, Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah, Satpol PP, BPMP2T, dan BPBD.
4. Penghapusan beberapa bagian dan bidang pada beberapa organisasi perangkat daerah.
5. Perubahan nomenklatur beberapa Dinas dan Badan untuk menyesuaikan dengan perubahan tugas pokok dan fungsi.